Kauno Bernardo Brazdžionio mokykla glaudžiai bendradarbiauja su Kauno lopšeliais-darželiais „Kūlverstukas“, „Linelis“, „Varpelis“, „Bitutė“, „Vaikystė“ ir „Svirnelis“. Taip pat draugaujama su  „Varpelio“ pradine mokykla, mokyklomis-darželiais „Rūtelė“ ir „Šviesa“, Kauno „Varpo“ gimnazija, Kauno Stepono Dariaus ir Stasio Girėno gimnazija, Kauno Kolegija, Miko Petrausko muzikos mokykla. Gražus bendradarbiavimas su Kauno miesto Žaliakalnio policijos komisariatu.